Zimografia (Gel de poliacrilamida copolimerizado con gelatina)
I. Muestra
Muestra (plasma, homgenado de tejido, liquido de dialisis, etc - 50 ug de proteina total
II. Gel de poliacrilamida co-polimerizado con gelatina
Gel Separador (8 mL, suficiente para dos geles de la camara miniprotean de BioRad)
- 2880 uL Agua bidestilada (BD, milliQ)
- 800 uL Gelatina 10 mg/mL (Sigma, USP, etc) (Conc. final: 1 mg gelatina/mL de gel)
- 2160 uL Acrilamida/bis al 30% (Amresco)
- 2160 uL Tris-Cl 1.5 M pH 8.8 (Amresco)
- 80 uL SDS al 10% (Sigma)
- 80 uL Persulfato de amonio al 10% (Amresco)
- 6 uL TEMED (Amresco)
Gel concentrador (2 mL, suficiente para dos geles de la camara miniprotean de BioRad)
- 1400 uL Agua BD
- 330 uL Acrilamida/bis al 30% (Amresco)
- 250 uL Tris-Cl 1.0 M pH 6.8 (Amresco)
- 20 uL SDS al 10% (Sigma)
- 20 uL Persulfato de amonio al 10% (Amresco)
- 4 uL TEMED (Amresco)
III. Preparacion de las muestras
- Se utiliza la tercera parte del bufer de muestra con base en el volumen total de la muestra con proteinas.
- Se mezclan en vortex y se incuban a temperatura ambiente durante 30 min (NO HERVIR)
IV. Bufer de muestra para MMP-9 4X (10 mL)
- 1 g SDS (conc final 2.5%)
- 0.8 g Sacarosa (Prod. Quim. Monterrey)
- 400 uL Sol. Rojo de Fenol al 1% (conc. final 0.01%)
- 10 mL agua BDV.
V. Corrimiento del gel
- Aplicar las muestras (habitualmente entre 10 y 25 uL)
- Correr el gel con 1X de Tris-glicina-SDS a 75 mV (por gel) a voltaje constante en frio (yo lo coloco dentro del refigerador en la parte mas baja y plana).
- Tiempo de corrida: 1-2.5 horas.
- SIEMPRE HAY QUE ESTAR VIGILANDO EL FRENTE DE COLORANTE.
- La corrida se detiene cuando el rojo de fenol llega a borde inferior del gel y apenas se empieza a salir del mismo.
VI. Lavado de los geles para retirar el SDS
Solucion de renaturalizacion (lavado) (10x) Triton X-100 (Sigma), 25% (v/v) en agua BD
Los geles (por separado) se lavan en 30-50 mL de TritonX-100 al 2.5% durante 20-30 min en agitacion continua (agitador orbital) por tres veces consecutivas
VII. Bufer de revelado 500 mL (10x)
Parace mucho pero si se consume, antes de usarlo diluirlo a 1X
- 6.25 g Tris base
- 31.5 g Tris-HCl
- 58.5 g NaCl
- 3.7 g CaCl2
- 12.5 mL Triton X-100
- 0.2 g Azida de sodio (NaN3, Sigma)
- 500 mL Agua BD
- Incubar en 50 mL (por cada gel) de esta solucion a 37 oC durante 12 h
- El tiempo de incubacion puede variar mucho y se determiara empiricamente.
- Al inico me salian grandes manchas y para corregir eso opte por incubar a 4 oC durante cuatro dias de esa forma se ven unas bandas bien definidas.
- La mancha depende tambien de la cantidad de las colagenasas en las muestras.
VIII. Tincion de los geles
- Teñir los geles con azul de Coomassie R-250 (Amresco) por 12 h.
- Para mayor contraste se usa al 0.5% (w/v) en lugar de la cocenctracion de 0.1%.
Los geles se destiñen con solucion desteñidora que contiene
- 500 mL Metanol (High Purity de Mexico)
- 100 mL Ac. acetico (Prod. Quim. Monterrey)
- 400 mL Agua BD
Donde se encuentran las metaloproteasas aparecen bandas claras sobre un fondo azul marino, eso significa que se digirio la gelatina de esa zona.